氮气发生器的工作原理是分离空气，电解膜的负极侧发生氧化反应，吃掉空气中的氧化性气体，在正极侧还原，空气流过电解池后就只剩下氮气和惰性气体，故国内发生器的纯度大多标有“相对含氧量”，氮气的纯度和空气流速，有效分解面的长度，电解电势的强弱都有关系，这种分离方法也决定了氮气的纯度不可能做的很高。加入电解质的作用就是提高水的导电率，使电化学反应能顺利进行。
发生器对色谱的影响有一点常常被忽略，就是发生器内的开关电源工作事会对电网电压造成一定的干扰（压缩机的启动和停止也会），所以色谱仪必须经过稳压电源供电，当然不用稳压电源的用户极少。
对色谱来说，发生器产生了氮气后，还需要脱水、脱氧（加脱水脱氧管），否则会损害ECD检测器。
对质谱来说，国内的氮气发生器都无法达到很高的流量，所以，现在很多人都还使用液氮罐，来支持液质联用需要的氮气流量。
值得提醒的一点是：该仪器只能在实验室内或实验室外很近的位置采集空气作为气源，而实验室内空气经常是受到污染的，其中的有机溶剂含量因为实验前处理过程等原因（此外GC的洗针溶剂挥发，液相的流动相挥发）不可避免的超标。
氮气发生设备的标称纯度也不过98%，和钢瓶氮气的纯度没法比。所以尤其是国产的在色谱实验中是个鸡肋型的产品，其纯度无法达到GC分析的要求。
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